FPGA開発ツールのQuartusII上で、FPGAデバイスも正しく設定し、I/Oピンも正しく設定しているのにUSBからのFPGAコンフィグができない場合があります。

この理由は、「Device and Pin Options」メニューで、コンフィグファイルの圧縮（Generate compressed bitstreams)オプションをONにしているためです。USBコンフィグでは、この圧縮オプションに対応していません。
このような問題を引き起こさないためには、製品に添付するFPGAサンプル回路のTCLスクリプトファイルの利用を推奨します。このスクリプトファイルには、デバイスアサインやピンアサインの他に、このコンフィグファイル生成のオプションなど、QuartusIIツールの設定情報も含まれています。TCLスクリプトを利用することで、単純な設定ミスを引き起こすリスクを減らすことができます。