FPGA内に実装したハードウエア・レジスタのビット幅と制御ソフトウエアから制御するビット幅が一致していないと、誤動作の原因になります。
例えば、FPGA内にレジスタNo.2、16bitの書き込み・読み出し可能なレジスタを構成したとします。制御ソフトウエアからこのレジスタに対して8bitでアクセスすると、FPGA側の16bitレジスタの下位8bitには設定した値が書き込まれますが、上位8bitには"0"ではなく、Don't Care（不定）の値が書き込まれます。
【16bitのレジスタに8bitモードでデータを設定した場合】
レジスタReg.2の16bitレジスタには、緑色で表示した下位8bitにしか設定した値が書き込まれず、水色で表示した上位8bitには不定の値が書き込まれます。
【16bitのレジスタに16bitモードでデータを設定した場合】
レジスタReg.2の16bitレジスタの下位8bitしか、データを設定しない場合でも、上位8bitにも"0"など明示的にデータを設定してください。