USBコンフィグは瞬時にFPGAプログラムができますが、コンフィグファイルの選択を間違えて意図しないコンフィグデータをプログラムしたり、ボード運用中にすぐにFPGA動作を停止させたい状況があると思います。
リファレンス制御アプリ「RefApp7.exe」では、この様な状況の時にすぐに対応できるよう、FPGAのプログラム状態をクリアする（ブランクにする）機能があります。
USBコンフィグ後、「Clear」ボタンをクリックすると、瞬時にFPGAの内容を消去できます。
例えば、FPGA I/Oピンの属性を間違えて信号が衝突していることがわかったときに、すぐにFPGA内容を消去して、I/Oピンをデフォルトのトライステート状態にすることができます。