コンフィグROMに書きこむときのデータ設定が間違っている可能性があります。
例えば、FPGAの型番を間違ってコンパイルしたデータでも、コンフィグROMの型番が正しければ、FPGA開発ツールからコンフィグROMには正常に書き込めます。 しかし、FPGA型番が間違っているので、電源投入後にコンフィグROMから正常なブートができないのです。