アルテラ開発ツールQuartus Primeで、I/OピンをLVDS設定する場合には、Assinment Editorを利用するか、サンプルプロジェクトのCX-Card5.tclスクリプトを利用できます。
※ QuartusのPin Plannerだけでは詳細な設定ができません。
QuartusのAssignment Editorの場合、該当ピン（入力）の I/O StandardをLVDS設定するだけでは、オンチップの終端抵抗が適用されません。 必ず、該当ピンにINPUT TERMINATION Differentialを設定して下さい。
TCLスクリプトを利用してピン設定等を行う場合には、ピン番号アサインの他に以下の記述を追加して下さい。
set_instance_assignment -name IO_STANDARD LVDS -to 信号名
set_instance_assignment -name INPUT_TERMINATION DIFFERENTIAL -to 信号名