Q2 ver11.1にて、Qsysを利用しNios2を利用したシステムを設計する際には、以下の注意が必要です。

Qsysからオンチップメモリのウイザードを起動し、生成したNios2ソフト（xxx.hex）をメモリ初期化ファイルとして指定するとき、そのまま（..../.../xxx.hex）と指定すると正しく指定できません。

上記の通りファイル（xxx.hex)指定し、generateすると、onchip_memoryの実体ファイル（qsysで設定したonchip_memoryのブロック名.v）内にparameterとしてフルパス表示されます。
このパス名に以下の様に誤りが生じています。
parameter　INIT_FILE =　"...xxx.hexまでのパス../xxx.hex.hex";

余分な拡張子(.hex)が追加されてしまうので、Q2ツールのコンパイル時に無視されてしまい、メモリの初期化が正しくできません。
実体ファイル（qsysで設定したonchip_memoryのブロック名.v）のparameterセクションは直接編集できないので、Qsysからオンチップメモリのウィザードを起動し、（xxx.hex)ファイルを指定するときに、拡張子（.hex)を省いて指定します。