SX-Card6のI/Oバンクは、ボード上のDipSWで設定できます。設定した電圧の信号を入出力できますが、それ以外のシングルエンド信号を入力することもできます。

Xilinx社　UG381からの抜粋です。

 FPGA-I/Oバンクを2.5V以外で運用している場合で、入力バッファにLVCMOS25を使用するときにはVCCAUXを2.5Vに変更してください。　SX-Card6　ジャンパJP7=Open、JP8=Shortに設定するとVCCAUX=2.5Vになります。