コンフィグファイルの圧縮オプションをONに設定して生成したコンフィグファイル（ｒｂｆ）の場合、USBコンフィグを行ったときに、まれにコンフィグが失敗することがあります。
QuartusIIツールでプロジェクトをコンパイルする際、コンフィグファイルの圧縮オプションを「OFF」にしてください。
<設定方法>
ツールバーの「Assignments」→「Devices」を選択し、「Device&Pin Options...」をクリック。「Configuration」タブを選択して、「Generate compressed bitstreams」のチェックボックスをチェックしないでください。