MAX10をQuartusでコンパイする際に、Device and Pin Optionsでコンフィグモードの設定を圧縮にしてください。

制御アプリのRefMX.exeを利用してMAX10デバイスをコンフィグする場合、Quartusツールの「Device and Pin Options」メニューで、Configuration modeを "xxx Compressed　Image xxx"にしてください。　
また、内蔵メモリの初期化ファイルを利用している場合は、必ず "xxx Compressed Image with Memory Initialization ( xxxkbit UFM)"オプションを選択して下さい。

UnConpressedモードの場合、MAX10のプログラムが完了しても正常にブートしません。
※制御アプリRefMxの「FlashPath」機能を使用する場合です、USB Blasterを利用する場合は、圧縮/非圧縮にかかわらず正常動作します。