iMPACT ver12以降では、JTAG経由のSPI-ROMコンフィグだけに対応しています。

ISE ver12以降のツールユーザ向けです。

ISE ver11以前では、iMPACTに　"Direct SPI Configuration"　メニューがありました。このメニューで、VX-USB2のCN8からSPI-ROMへのプログラムができました。

ISE ver12以降、iMPACTから　"Direct SPI Configuration"メニューが無くなりました。このため、JTAGコネクタ（CN4）からSPI-ROMにプログラムしてください。コネクタCN8は使用できません。
JTAG経由でコンフィグ（ROMプログラミング）する際には、ボードのDipSW1の1ビット目を「ON」にしてから行ってください。