CX-Card4のユーザI/O本数は合計200本ですが、この内、専用クロック入力ピン6本、クロック出力2本があります。

CX-Card4には、120pinメザニンコネクタ（smatec社製コネクタQSHシリーズ）が2個あり、それぞれのコネクタに100本のFPGA-IOを収容しています。

内訳は...
ユーザが入力、出力を設定して利用できるピンは、1コネクタ当たり96本です。
入力専用ピンとして、LVDSクロック入力　2本とシングルエンドクロック入力　1本です。これらのピンは、FPGAの専用クロックピンに接続していますが、クロックとして利用しなければ、汎用入力ピン（出力設定はできません）として利用できます。
ただし、I/Oレジスタ機能やプルアップ機能を利用できません。

LVDSクロック入力として使用する場合、100Ωの抵抗を別途実装してください。製品出荷時には部品を実装していません。　シングルエンドのクロック入力ピンには、テブナン終端済みです。

専用クロック出力ピンは、FPGAピン近傍に13Ωのダンピング抵抗を実装済みです。　FPGAのピン自体、入力ピンとしても利用できますが、ダンピング抵抗が影響するような場合は、抵抗を取り外してハンダショートすることで、汎用入力ピンとして利用できます。

下の画像では、青枠でシングルエンドのクロック入力ピン、クロック出力ピンの位置を示しています。　赤枠では差動信号（LVDS)用のクロックピンの位置を示しています。