CX-Card4のユーザI/OをLVDS設定する場合には、VCCIOを2.5Vにしてください。

LVDSバッファの中には、1.8Vや3.3Vがありますが、CX-Card4に搭載のCyclone4E-FPGAでは、2.5V系のLVDS仕様になっています。

1.8V系や3.3V系のLVDSバッファとのインタフェースをする場合でも、直結することができます。
CX-Card4のLVDS　I/O電圧は必ず2.5Vで運用してください。I/O電圧を1.8Vや3.3Vに設定できますが、LVDSでの運用を行う場合は2.5V設定です。

I/O電圧設定については、こちらのページをご覧ください。
http://www.smartusb.info/article.php/cxcard4_flexibility